Są różne sposoby ustawienia Tor Browser jako domyślnej przeglądarki, lecz mogą one nie działać poprawnie na niektórych systemach operacyjnych. Tor Browser ciężko pracuje, aby odizolować się od reszty systemu, a kroki do uczynienia z niej przeglądarki domyślnej są zawodne. Oznacza to, że czasami strona internetowa ładowałaby się w Tor Browser, a czasami w innej przeglądarce. Tego typu zachowanie może być niebezpieczne i niszczące anonimowość.