JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu site düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

Tüm HTTP sitelerinde JavaScript kullanımının varsayılan olarak kaldırılmasını isteyen kullanıcıların, Tor Browser Güvenlik düzeyi ayarını değiştirmeleri önerilir. Bu işlem, Güvenlik simgesine (ekranın sağ üst köşesindeki küçük gri kalkan) ve ardından "Ayarlar..." üzerine tıklanarak yapılabilir. "Standart" düzey JavaScript kullanılmasına izin verir, "Daha güvenli" düzey HTTP sitelerinde JavaScript kullanılmasını engeller ve "En güvenli" düzey JavaScript kullanılmasını tümüyle engeller.